Όργανα διοίκησης του Τμήματος είναι η Συνέλευση του Τμήματος, το Διοικητικό Συμβούλιο και ο Πρόεδρος του Τμήματος.
Η Συνέλευση του Τμήματος απαρτίζεται από:
- Μέλη ΔΕΠ του Τμήματος
- Τον Πρόεδρο, τον Αναπληρωτή Πρόεδρο και τους Διευθυντές των Τομέων
- Εκπροσώπους των φοιτητών
- Εκπροσώπους ΕΕΠ, ΕΔΙΠ και ΕΤΕΠ
Το Διοικητικό Συμβούλιο απαρτίζεται από:
- Τον Πρόεδρο και τον Αναπληρωτή Πρόεδρο
- Τους Διευθυντές των Τομέων
- Έναν εκπρόσωπο από ΕΕΠ, ΕΔΙΠ και ΕΤΕΠ